Il débute à 17 ans, en 1939, à Timely Comics, dirigée par Martin et Arthur Goodman. Il y travaille avec Joe Simon et Jack Kirby avant de devenir scénariste et responsable éditorial.
Pendant les années 40 il écrit les scénarii de Captain America (voir sa fiche Marvel Universe), The Sub-Mariner, Young Allies et The Human Torch. Durant les années 50 les ventes des comics de Timely (devenue par la suite Atlas Comics et Marvel Comics) dépassent celles de leurs concurrents (Dell Publishing et la National Periodical Publications [DC Comics].
Mais son idée de génie fut de réinventer le concept des super_héros. Il a fait d'eux des hommes et des femmes, qui tout en ayant des super-pouvoirs, se posent des questions existentielles, se retrouvent confrontés aux problèmes de la vie quotidienne, qu'ils soient sentimentaux, financiers, relationnels, raciaux ou autres.
Naissent ainsi de son imagination The Fantastic Four, The Hulk (voir Stan Lee raconte les SH: Hulk), Thor, The Silver Surfer, Spider-Man (voir l'article du Strange 47) Iron Man (voir article de Strange 48 et Iron Man dans Tales of Suspense), The X-Men (Stan Lee confia que l'idée décisive dans la création des X-Men étaient la haine qu'ils devaient inspirer, "parce qu'on finit toujours par craindre et haïr ceux qui sont différents", voir aussi Cyclope), Daredevil (voir Stan Lee raconte Daredevil), Sergent Fury and His Howling Commando...
Il écrit quelques ouvrages spécialisés comme Origins of Marvel Comics (1974), Sons of Origin (1975), Brings on the Bad boys (1976), The Superhero Women (1977). En 1978, Stan Lee collabore avec John Buscema et publient ensemble un guide sur leurs méthodes respectives de travail. Cela va de la présentation du choix du matériel aux techniques de dessin en passant par l'encrage. Stan Lee travailla aussi avec Buscema sur les séries suivantes : Les Vengeurs, Wolverine, Conan, Thor et le Surfer d'Argent.
